Van 23 juli 1942 tot 5 mei 1945 is het gebouw van Gemeenteschool 3 gevorderd door de Duitse bezetter. De Weermacht neemt vijf lokalen in gebruik als bureauruimte. De leerlingen vinden onderdak in
verschillende kerken en het kantoor van Rijkswaterstaat op het Grote Oost. Ook in de ambtswoning
van de burgemeester en in de Amsterdamse Bank, beide aan de Rode Steen, wordt lesruimte gecreeerd. Een paar weken later wordt ook de ULO aan de Johan Messchaertstraat gevorderd voor de
opslag van haver. De leerlingen van de ULO wijken uit naar de lokalen in de school aan de Draafsingel die de Duitse soldaten niet gebruiken.
Draafsingel 37 was gevorderd zonder meubilair, maar met vloerbedekking en gordijnen. In mei 1945
blijkt dat met de Duitsers ook de gordijnen verdwenen zijn. Dat is niet de enige schadepost. Het hele
gebouw moet voor vele duizenden guldens worden opgeknapt. De Rijksoverheid vergoedt deze oorlogsschade, zij het dat de 3600 gulden inkwartieringsvergoeding die de Duitsers tijdens de oorlog
hebben betaald, keurig wordt verrekend met de gemaakte onkosten voor de tijdelijke huisvesting van
de leerlingen en het herstel van het schoolgebouw en de inventaris.
Als het normale schoolleven na de bevrijding weer op gang komt, vindt er een gebouwenruil plaats
tussen Gemeenteschool 3 en de gemeentelijke ULO. Uit gemeentelijke stukken blijkt dat de ULO, die
dan onder leiding staat van de heer A.M.E. Grabowsky, op 1 januari 1946 met 182 leerlingen gehuisvest
is in het gebouw aan de Draafsingel, terwijl de 179 leerlingen van Gemeenteschool 3 van
schoolhoofd Jan van Berkel ondergebracht zijn in de voormalige ULO. De verhuizing zal dus plaatsgevonden
hebben bij de aanvang van het schooljaar 1945/1946.
Op 31 maart 1950 stemt de gemeenteraad in met een voorstel van B&W om de openbare scholen
voor lager onderwijs andere namen te geven. Dit gebeurt met het oog op de komst van een openbare
streekschool voor bijzonder lager onderwijs (BLO). Men wil zo voorkomen dat er voor deze school
ongewenste namen in omloop komen.
Prinses Margrietschool, Messchaertstraat No 1 (foto ca. 1985-2000)
Elke school krijgt de naam van een prinses van het Koninklijk Huis. De school voor BLO, die gevestigd zal worden aan de Bontekoestraat, krijgt als naam Prinses Beatrixschool. Gemeenteschool 1, op nummer 1 in de Johan Messchaertstraat, wordt de Prinses Margrietschool. Gemeenteschool 2 in de Muntstraat wordt genoemd naar Prinses Irene en Gemeenteschool 3, nu dus op nummer 3 in Johan Messchaertstraat, heet voortaan Prinses Marijkeschool.
Prinses Marijkeschool, Messchaertstraat No 3 (foto ca. 2005)
De Prinses Marijkeschool blijft niet lang in de voormalige ULO. Het pand is eigenlijk niet geschikt voor het lager onderwijs. In 1959 verhuist de school daarom naar een nieuw onderkomen aan de Hogerbeetsstraat. Het pand Johan Messchaertstraat 3 wordt in 1960 verbouwd ten behoeve van de school voor voortgezet lager onderwijs (VGLO) van schoolhoofd Arie van Zoonen.