Toen Hoorn in 1572 voor de prins van Oranje koos, en dus voor het protestantisme, had dit rampzalige gevolgen voor de katholieken. Aan het rijke kloosterleven kwam een abrupt einde. Sommige kloosters werden gesloopt, andere kregen een nieuwe bestemming als gasthuis, weeshuis of pakhuis. De kerken gingen over in protestantse handen en de katholieken moesten hun bijeenkomsten voortaan in het verborgene houden, want het was hun verboden hun godsdienst openlijk te belijden.
Op 19 juli 1953 droeg de pas tot priester gewijde missionaris van Mill Hill, Piet Kok, zijn
eerste plechtige H. Mis op in de St. Cyriacus. Hij werd bij die gelegenheid feestelijke ingehaald (AWC).
Aan het Nieuwe Noord was een schuilkerk, de Drie Kalfjes, aan de Slijksteeg stond een schuilkerk
en ook in het huis De Drie Tulpen aan het Achterom werd een schuilkerk ingericht, waar de Franciscanen
een onderkomen vonden. Doordat de paters er steeds panden bijkochten, strekte hun onroerend goed zich
tenslotte uit tot het Grote Noord. In 1755, toen de verdraagzaamheid tegenover andersdenkenden
aanzienlijk was toegenomen, kregen de Franciscanen toestemming hun pand aan het Grote Noord te voorzien
van een kloeke gevel. Maar nog steeds moest die gevel de indruk wekken dat er een woonhuis achter lag.
De in 1893 opgerichte Roomsch Katholieke Volksbond was een van de vele verenigingen
waarin de katholieke emancipatie gestalte kreeg. De vele activiteiten van deze bond omvatten het beheer
van de spaarbank St. Nicolaas en de toneelclub St. Joachim
(WFM).
De Franse tijd bracht vrijheid van godsdienst en onder koning Willem I werd die vrijheid grondwettelijk
vastgelegd. De katholieken konden nu eindelijk uit hun schuilkerken komen. In Hoorn lieten zij het oog
vallen op de leegstaande Mariakapel. Na enige aarzeling kregen zij van het stadsbestuur toestemming de
kapel te betrekken. In eerste instantie verhuisden de parochianen van de bouwvallige schuilkerk aan
het Nieuwe Noord naar de Achterstraat. De bisschop vond dit een uitstekende ontwikkeling. Opgehitst
door pastoor Steinbach, zoals boze tongen beweerden, besloot hij de kerk aan de Slijksteeg op te heffen.
De parochianen van de Slijksteegkerk waren woedend, maar verzet mocht niet baten. Een volgende ingreep
was het onderbrengen van de paterskerk bij de parochie in de Achterstraat. Voortaan was de Mariakapel
de hoofdkerk en de Franciscanerstatie de bijkerk van katholiek Hoorn.