In 1825 werd de kapel in eigendom overgedragen aan Rooms Katholieke Kerk voor herinrichting tot
kerkgebouw. De gewelfkelders bleven daarvan uitgezonderd. Eveneens werd het toenmalig zuidelijk nevenstaand
Muntgebouw, de oorspronkelijke Catharinakapel, ter beschikking gesteld van de R.K. Kerk.
De ruimte boven de gewelfkelders werd weer ingericht als koor- en altaarruimte. De vloer daarvan reikte
daardoor weliswaar bijna 2,50m hoger dan de overige kerkvloerruimte (schip). Dit hoogteverschil werd tot
± 70cm verminderd door het aanbrengen van een houten vloerconstructie in het schip op hoge
gemetselde naar boventoe tapstoelopende pilaarvormige poeren. In 1835 werden de poeren met nog 70cm
verhoogd, en daardoor ook de vloer of eigenlijk beter verdiepingsvloer genoemd. Koor en vloer van het
schip kwamen daardoor op gelijke hoogte te liggen. Aangezien de (verdiepings-)vloer hoger kwam te liggen
dan de afzaten van de vensters was het noodzakelijk de vensters in te korten. De nieuwe afzaten werden
even boven de nieuwe vloer aangebracht.
Het houtskelet werd gesloopt en de trekbalken werden vervangen door trekstangen.
De oude nonnengalerij werd blijkbaar overbodig bevonden, want deze werd weggehaald.
Daarentegen werd echter een zangkoor of tribuun tegen de westgevel gebouwd.
De verhoging van de vloer van het schip had mede tot gevolg, dat de hoofdtoegang van de kerk en daardoor
mede ook de vormgeving/architectuur diende te worden aangepast. Door een verhoogde toegangspartij
én trap werd het hoogteverschil tussen straatpeil (= ongeveer peil van oorspronkelijke kerkvloer)
en de nieuwe kerkvloer op poeren overbrugd. Deze aanpassing werd verricht in de toenmalig heersende
bouwstijl van het neoclassicisme.
De vensters in de voorgevel bleven naast de neoclassicistische toegangspartij echter hun gotische
spitsboogvorm behouden.
Hoofdtoegang in de westelijke gevel in de Korte Achterstraat.
Dan breekt voor de rooms-katholieke gemeenschap het noodlottige jaar 1877 aan. Een verwoestende brand veranderde de kapel in een ruïne. Vloeren, vensters en dakstoel met ruitertorentje werden een prooi der vlammen. Slechts het muurwerk en de neoclassicistische toegangspartij in de westgevel konden worden gespaard.