Na de Hervorming kregen de belendende kloostergebouwen van het Mariaklooster de bestemming van Protestants- of Burgerweeshuis. Daarbij werd ook het koor plus het gedeelte ter hoogte van de twee meest oostelijke traveeën van de kapel aan het weeshuis toegewezen. De rest van de kapelruimte werd door de Gecommitteerde raden van Westfriesland en het Noord-Hollands Noorderkwartier in gebruik genomen als wapenarsenaal, opslagplaats voor oorlogs- en verdedigingsmaterieel.
Aanzicht kapel vanuit noord-oosten gezien. Rechts de later aangebrachte
vleugel van het klooster/weeshuis.
Een houten dwarswand scheidde ruimtelijk de genoemde bestemmingen. Vrij kort nadien zijn in het door het weeshuis gebruikte deel in de langsrichting van de kapel naast elkaar de twee nog bestaande tongewelven gebouwd. Zij werden gebruikt als voorraadruimte voor onder meer levensmiddelen en werk- en opslagplaats voor onderhoudswerkzaamheden van het weeshuis.
Links, toegang tot noordelijk gewelf/koor daterende uit de arsenaalsperiode.
Rechtsonder toegang/putgat tot hemelwaterverzamelbak.
De aanzetten van de gewelven staan ongeveer op maaiveldpeil, dat tevens het peil van de oorspronkelijke vloer is. Op deze gewelven werd tevens een houten vloer als verdieping aangebracht. Ook op de trekbalken, op de grens dus van kap en ruimte boven de gewelven, werd een vloerconstructie aangebracht, welke werd gebruikt als graanopslagplaats. Echter, in 1760 werd de gehele ruimte boven de gewelven ter beschikking gesteld van het arsenaal.
Kapel vanuit zuid-oosten gezien met toegang uit de arsenaalsperiode in middentravee
kooromsluiting.
Vermoed wordt dat in het tijdvak van de arsenaalbestemming, de zuidelijke steunberen zijn gesloopt,
hoewel dit ook plaats gevonden kan hebben in 1826, het jaar nadat de kapel in eigendom overging naar
de R.K. Kerk. Tijdens de grote restauratie van 1993 is de meest oostelijke steunbeer aan de zuidgevel
vóór de overhoekse steun opnieuw opgetrokken.
In 1799 werd de bestemming als arsenaal opgeheven wegens herziening en reorganisatie van de gemeentelijke
bestuursvormen door de instelling van de Bataafse republiek.